和第二集同年上映的第三集，進入故事的最終也最嚴肅的部份。第二集末已經明白「The One」不過只是控制機制，而這集就要看看：Neo 這位 The One 的最後宿命。不管如何，真的看懂這三部曲，就會明白：「The One 絕不是個美差，或是多美好響亮的身份，做為 The One 其實…真的很辛苦也很悲劇」。
Smith 借著 Bane 來到真實世界。某些方面而言，個人覺得 Smith 可以說是 Architect 一力只求「Balance」運算的另一個結果。所以 Smith 成了 Neo 的反面，他的對立。Neo 很強，Smith 也變得很 BT（變態），但基本上 Architect 本來就平衡不了這些人類複雜的運行因素，所以才弄出個「垃圾筒機制」來定期清掃。最後，Smith 變成了 Architect 根本無法控制的東西。
另一方面，之前失去意識的Neo，其實他的MIND到了介於現實和機械世界的Train Station。這裏有點像是防火牆或是某個控制LINE，也許在 Neo 利用遙感控制 Sentinel 時出了什麼岔子，他被困在這兒。雖然沒直接和 Matrix 連結，但他的意識卻和身體分開，而身體竟然還活著！但在這兒他又重新認識了一些事：愛也能存在於 Program。其實，如果人腦是終端機，人類的情緒是許多錯綜複雜的處理結果，那麼機器到後來，能不能也有愛恨情仇呢？
脫困的 Neo 最後一次找到 Oracle，Oracle 告訴 Neo 「The One」能超過現實去控制和感知 Sentinel 是因為他到過 Source，他和 Source 有了某些連結，所以他變得能感知和遙控影響 Sentinel（這概念其實和超能力是有差距的）。到後來他因為被 Smith「附身」的 Bane 攻擊而失明卻因此能看到各種機體中的能量和光，應該也和他這部份能力有關（在現實中看到的不是藍綠色 code 而是橘黃色像能量的光）。
↑↑↑ 這裏一次貼了三張圖，只是想說明：1.這光暈很顯然完全不是像 Matrix 中代碼的概念，更像是一種能量。2.最後 Neo 打碎了 Bane 的腦袋，Bane 屍體的其它部份是完好的，但在 Neo 眼中呈現的卻是整個破碎消散。
在困在 Train Station 時，Neo 曾試圖自己找到出路，但這時他看到的卻是通往 Machine City 的線路。很可能當時他就有感於他最終該走到何處，那是一切源頭的源頭，比 Matrix 的 Source 更源頭。但如何去到那裏，在那裏有什麼等著他，他都無法知道。更慘的是很多人無法相信他（第二集就知道他現實中的地位其實不高），一隻船一個人（or二個人）要怎麼到達百年來無人能近的 Machine City？
↑↑↑ 困在 TrainStation 時 Neo 匆匆一瞥的景象，也許在此他領悟到他該到哪裏尋找他最後的命運。
↑↑↑ 後來 Neo 和 Trinity 獨自前往 Machine City 依循的能量管線。
縱使 Neo 是 The One，他的能力也建立在和機器世界有關的事物上，因此，即使他在 Matrix 中再神，在現實中失去了肉眼也無法再開飛船（看不到和機器世界無關的東西），更無法像在 Matrix 中那樣將 Trinity 的性命再一次救回。抵達 Machine City 後，Neo 能看到滿處是金光難以形容的壯麗景象，卻看不到身邊已經瀕死的 Trinity。這是多麼痛苦的旅程！成為 The One，絕對不是什麼風光無限的救世主，只是為了完全其存在的目的--Peace。Neo 所損失的其實太多了！不管給他再大的能力對他也沒意義。
↑↑↑ Neo 只能以手代目摸索愛人的所在。
↑↑↑ Light is everywhere! 這景象和冷冰冰的代碼可是天差地的（因為這時 Neo 看到的不是代碼）。
↑↑↑ 上下對比非常強烈的兩張圖片。
和機器頭目（不知該叫什麼，因為沒說明）談好條件，Neo 再次回到 Matrix，和已經完全失控的 Smith 進行決戰，大雨滂沱的景象老實說邊看還真邊為演員感到難過…，肯定是從頭濕到腳，內裏都像泡在水中了XD！當然，沉重的效果以及做出的效果是很好看。Neo 的作戰看起來其實真的很悲劇。好像全世界只剩他一人。Hugo Weaving 和 Keanu Reeve 都是很辛苦…。
↑↑↑ 看到這段真的心中一直喊：好濕、好重、好冷呀！我的天！
故事的最後，Neo 戰勝了 Smith，但他應該可以確定是犧牲了。事實上，個人甚至有一種感覺是機器殺了他！在機器城中，他的連結法其實是和當初培養槽的電力樹一樣的。不只有腦後，所有手腳到背後的接點都插上了（胸前的沒）。最後他發出的閃燿光芒，個人都不知道是不是：故意供入過量的電力把他給烤了…冏。發出那像天使之翼和十字架圖像的金光是如此燿眼，個人卻覺得「好可憐」。當然，這麼想太過悲慘，好吧，就當作是機器只是單純是助他一臂之力吧！
最後，人類世界和機器世界都得救了（Neo 如果不順服，那機器世界一定會毁，而人類世界也會一起掛，但 Oracle 當初說了「她不知道結果」，表示這結果連她也無法預測，那麼這部份很可能真的完全在於「Neo」的選擇，而不是「The One」），Zion 的人們歡欣鼓舞，Sati 為 Neo 作了一個很美的朝陽，Oracle 說 Neo 一定會再回來。不過，「The One」這個程式當然可能會回來，但再回來還會是 Neo 嗎？或是就像基督教義一般，他就是帶著神性和人性的人，後來還會一樣再來？不可得知。
↑↑↑ 不知機器為 Neo 收屍後又會如何處置，畢竟對他們還有什麼意義嗎？
↑↑↑ What do you think I am? Human? Architect 老公公似乎很不爽被質疑是否會守諾。
值得一提的是，最終的 Smith 戰，其實本來的構想不是這樣，電影中是 Neo 被打得很慘，最後若有所悟讓 Smith 同化而反敗為勝。但本來是想做成：Neo 把 Smith 轟到地面（電影中反之），然後把他打出地洞打趴了。這時附近的 Smith 將虛擬世界的建物等全都集合起來，變成了個巨大 Smith（Mega Smith），然後 Neo 用盡所有力量「衝潰」了這個巨大的 Smith，最後巨大 Smith 爆炸，所有人都復原了（這幕和電影很像）。而 Neo 也因力盡犧牲了。聽說因為技術問題，所以放棄了「Mega Smith」構想。這個版本後來在 Matrix 遊戲《The Path of Neo》中得以實現（遊戲的導演就是電影導演）。不過，說真的，個人認為電影的版本比較好。也許就技術上來說，巨大 Smith 很炫，但後來這個版本卻更引人共鳴。
↑↑↑ 傳說中的 Mega Smith！眼鏡是廣告看板…。
至於遊戲《The Path of Neo》…，聽說動作是很帥啦！玩家要以 Neo 的視點來進行所有事件，所以他沒參與過的故事就不會收在遊戲中，不過也多出不少只有 Neo 才會經歷但電影上沒有拍出來的東西。但那個畫面和鋸齒其實以那個年份而言是不太合格的…。好在 CANCLE 了 PS3 和 XBOX360 的計劃，不然在高清下那可怕的細節不是讓人更吐血…。在這之前應該還有兩部遊戲吧？不過個人沒找相關的資料不太清楚。
↑↑↑ 這是遊戲《Path of Neo》的封面（不就是十萬火急嗎？）。
◎遊戲影片：The Matrix - Path of Neo, Mega Smith & Ending
開場是導演兄弟的解說，中間才開始有最後對決。
※Matrix 中的許多名詞和引用的信仰：
其實整個 Matrix 中充滿的基督教義的影射，當然，有些概念可能和其它宗教重疊，因為單以「宗教」而言許多的宗教間會有不少方面是有相像處的，但重點是一些中心會有區別的教義，而非一些大家都有的東西。
但以此片而言主要的還是基督教方面的。尤其是角色各種名稱的選用上，重生（Neo）、三位一體（Trinity）、還有曾出不窮三人行動的概念、Zion、尼布甲尼撒號（Nebuchadnezzar）、Neo 同時具人和機器的特質（這影射基督的神人雙重性質）、死而復活。甚至 Neo 至死順服（基本上是的，他的選擇其實很多方面是沒有選擇的選擇，但他最後顯出的不是不情願，而是自願上祭壇赴死），另外像其中引用的 Merovingian 雖是一種穿附之言，但也是在影射大衛和基督的王朝。甚至最後到達機器城市時的場面都和啟示錄或聖經許多地方描寫的聖城是一樣的--由金色所建構的！不再有黑夜，到處都是白晝。Neo 最後發出強光的畫面其實很像天使和十字架的光輝，而以一人的死換得所有人的重生以及平息，這樣的象徵其實並不在其它宗教中見到。
中間當然還有其它方面不屬於基督教義的東西摻雜，但論主要的部份還是取用於聖經（聖經並不是沒有提到現實和人以及靈界的東西，但一般基督徒不會去強調這些部份，而是著重在生命）。
當然，個人得要說，這畢竟是娛樂作品，縱有基督教義的應用，也該是用基督教義來看此片，而不能用此片來理解基督，因為基督可比這豐盛太多了！
※關於 Smith：
其實，有的時候覺得他的定位很怪，似乎他是「爭取自由」的「人」。看起來他不再是 Agent，他拿掉了耳機，他想離開 Matrix，想向外發展，他不滿於現況，他看出了自己其實仍是不自由的。但其實他就是個程式，而且到後來還是個會感染其他有意志程序的程式。和梅洛文加（Merovingian）比，個人覺得 Smith 的目的其實頗為空泛，因為他其實沒有梅洛文加以上的能力，他的目標只剩執著和單一，說穿了其實只是像病毒想要不斷增值再增值，自由？有嗎？這個故事雖然加入了些啠學和宗教的東西，但本質是「０和１」，也就是：如果太過全都往哲學或神學論上去討論時可能會忘記了某些東西在故事中的本質…。這是個電腦和程式故事，再配上人類的意志靈魂信仰等東西。Smith 爭取自己想要的好像是沒錯，但他的貪婪和無限擴增的慾望並不是求生，是為了將一切變成自己控制下，等於毁滅。如劇情所見，Smith 甚至可以隨著受感染的人類意志到達現實世界（將人腦視為一種終端機在本片中是做得夠多了），而他到了現實世界一樣只剩下破壞力（殺人+毁滅）。如果換成個人，可一點也不想要這種「被解放」的自由！MD，根本是被寄生，更遑論是打破循環了…。
※關於命題「Revolution」：
其實，先說個人覺得這三部曲下來其實人類不算贏，因為 Neo 幾乎是按著機器的安排才走到結局。但等一下，人類也沒有算輸。這個「Revolution」指的是什麼呢？個人是覺得答案還得回頭去看此系列補完的另一套作品《The Animatrix》。人類以前是怎樣奴役機器，到自取滅亡，到變成機器的奴隸，到了經過不知多少年後，發生了電影三部曲中的故事（第六代The One - Neo）人類終於有機會和機器對等的共存。這個消長不是很有趣嗎？機器曾經想要和人類和平共存，但當時自大的人類拒絕了，人類又嫉妒機器的先進和繁盛，最後導致雙方的惡戰，大戰導致了雙方極大的損失，人類發狂的以遮蔽天空想讓機器失去能源卻仍舊敗了還毁了彼此唯一的地球。機器被迫用人類來作為能源，看來是將人類當成了自己的玩物，但機器的存續呢？就永遠這麼搞個沒完？就表面上看起來，Neo 終究是依照著 Oracle 的計算走上犧牲，但這一次的 Matrix 的改變（升級）是完全不同以往的。以前的人類一旦覺醒是受控制的被安排在「The One」預言下、被控制在 Zion（這一個清除機制是受控制的，地點受制範圍受制，而且，機器擁有絕對強勢的軍力也是一種控制，不然為何 Architect 能那麼好的抓到時間和地點去鑽洞），但這次的改變是 Architect 願意「讓人類自由的離去」，這對機器其實是很大的冒險！看看 Architect 對人類一些反應，可以明白他認為人類是什麼東西：不合理好戰又無信用（沒直說，但有這種感覺）。不明白 Oracle 當初是如何決定讓這代的 The One 人選做出這麼大的冒險，若非如此，Neo 的旅程不會如此辛苦。但以結局而言，這代價是全人類受惠（打破重複被剿殺的命運），至於機器有沒受惠，不知道（個人覺得會有，不然 Oracle 做這決定不合理，但目前不明白）！就像在最後結尾 Architect 對 Oracle 說「You played a very dangerous game.」（妳玩了場危險的遊戲，妳下了場危險的賭注），而 Oracle 回應「Change always is.」（改變永遠都需要冒險），Matrix 這份改變就是那個「Revolution」，至於和平能持續多久？人類有沒有可能真的走出新的世代，那真的要看人類有沒有從歷史學到教訓（機器永遠是依循合理性，所以個人覺得主要變因在人）。
※Zion 也是虛擬的世界？是機器控制的另一個 Matrix？
個人此命題持反面意見（認為 Zion 是真實的），因為：
1.Zion 必須是真的，否則這影片幾乎沒有任何意義。
2.如果 Architect 能在另一個 Matrix 控制那些人，
為什麼在原來那個 Matrix 控制不了？
3.第二集末和第三集中，Neo 使用的不是超能力！
有很多人因著 Architect 在二集末對 Neo 的一翻話，也就是那套「BUG清除法」而認為「Zion 只是『另一個 Matrix』，人類仍是程序，讓人類在其中繼續被控制，此片中沒有真實世界」。不過，要注意的是，Architect 是存在很久的程序，又不像 Oracle 是傾向直覺領悟，他使用的很多用詞「不類人」，也就是他相對比較沒有人味，在他的觀點中來看活人和死人並沒有悲傷也沒有很大的差別。用人的情感和用語習慣理解 Architect 的話可能會有偏差。
不過，有幾點反過來想就好：如果 Zion 還是一個 Matrix，那麼這個 BUG 清除的機制 根本就是在搞笑！如果 Architect 能在另一個 Matrix 中毫無問題的控制人類，那為什麼還需要弄個 BUG 清除的機制？那他根本能在 Matrix 中同樣的控制住那些人，來回這麼搞豈不是有病閒著吃飽撐著？機器可不像人「那麼浪費」。
個人以為 Architect 的那段話的意思是：有些人無論如何就是會不穩定，這點 Matrix 無法控制也無法消除，所以他就乾脆的弄個讓他們相信的故事「踢出 Matrix」（因為那些人一直留著累積太多系統最後也會掛掉），弄個地方把他們這些有問題不受控制的人圈在一起（Zion 只是一個小小的地下洞穴基地，不表示全地球都是 Zion），自己又一天到晚弄些有的沒的武力去打他們殺他們，但不做絕，總之就是維持著但不讓人類真正壯大。等到累積了一定的「不相容於 Matrix 的人類」後，就去剿殺一次，這樣 Matrix 既得穩定，但人類即使被剔除出 Matrix 仍被 Prophecy 所左右而甘心一再重覆被剿殺的命運。如果 Architect 不建立這機制，人類也許自我覺醒後會在他的控制之外發展，這反而是他不願意的。
而關於 Neo 在第二集及第三集中看起來「超現實」的能力，其實和他在 Matrix 中不同。在 Matrix 中 Neo 眼中看到的是「一切」！他和 Merovingian 一樣，Matrix 讓他看到的並不是我們眼中看到的世界。這點可以注意 Morpheus 在「真理」餐廳電梯中對 Neo 的詢問對話「What did you see?」，Morpheus 和 Trinity 在 Matrix 中看到的和現實無異，所以 Morpheus 才會詢問 Neo，而 Neo 的回答顯然和他們所見的情景完全不同。在 Matrix 中 Neo 幾乎無所不能！他能突破程式的限制，因為他是和 Architect 及 Oracle 一樣有上層運行的能力，也有超人計算的能力。如果影片中的現實也是虛擬，那麼他本身帶有的「The One」應該也能讓他看到的和別人不同，並擁有一定改寫能力和預知力。但請注意，Neo 只能預知 Matrix 中的事！而他在現實中能影響的也只有來自 Matrix 以及機器城市的事。所以與其說他在現實中打倒 Sentinel 是超能力，個人倒認為這只是一種「遙控」。因為去過 Source 後他沒有回歸，卻和 source 有了聯系，所以能直接控制來自 source 指令的 sentinel，也能看到和 source 有關的 sentinel 及機器城市的光輝。如果是超能力，那他就不會那麼悲劇只能影響 Sentinel 而卻任由自己的飛船失控撞牆。他在失去肉眼後才顯出了他能看到機器能（現實他看到的是光，不是像 Matrix 中的藍綠代碼），而且在現實中，他瞎眼後唯一看到過的「人」是被 Smith 覆寫過的 Bane，其他人和物件他根本看不到！到 Trinity 瀕死時他連至愛在哪裏都得手腳並用的摸索才找得到。
最後的感想：
自食惡果的人類付出相對的慘痛代價！
如果看過《The Animatrix》就會覺得人類最後那麼悽慘真的是自作自受。
在最初的ＡＩ（Artificial intelligence）覺醒時，他們是向人類尋求認同的，
但人類卻是完全的拒絕，最後變成不斷的破壞和仇視ＡＩ。
真正挑起對立的是人類，而用愚蠢方式對付ＡＩ賠上整個地球的也是人類。
而賠上整個地球後自甘墮落的還是人類。
也就是演變到最後的悲劇：
「只能被接到電力樹上，只剩一小撮人躲在地底」
是人類自己一步一步造成的！
當然，在電影中只看到機器是相當的強勢，
所以變成人類得和他們低姿態的討價還價求生存。
因為有某個程序在多方考量後認為「只有雙方攜手才有真未來」所以人類才有機會。
不然大概就是繼續那不斷循環的垃圾處理程序（機制）算了。
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