接續著1999年的第一集，2003年竟然連出了兩集電影和一部包含八個小故事的動畫版。第二部名叫「reloaded」，意思是「重來，再裝填，再啟，再載入」，臺灣是翻成「駭客任務：重裝上陣」？不過，個人覺得按影片中的意思，其實就是：重新啟動（某個輪迴的機制）。當然，這是個人的看法。
借著「The One」的能力，Neo 能俯瞰整個 Matrix 的運行，所以 Neo 也和 Oracle 以及 Architect 一樣能看到一些結果，而有了像預知「Matrix 內部事件」的能力。因為在 Matrix 中的一切都是各種的演算。重點不是過程，而是不管未知數如何多，有一些狀況不管如何演算都會導向相同的結果。這是這種預知力的限制和原因，也因為如此，Neo、Oracle、Architect 的預知力都局限在 Matrix 中的事件，雖然有的人會進出 Matrix，但終究還是導向了相同結果。
而 Smith本來做為失敗的 Agent 程序應該是會被刪除或回到 Source。但他似乎選擇了其它路，成了一種像病毒的存在。他不斷的「覆寫」或「加寫」其它的程序，使自己無限的擴增。甚至，他將自己「加寫」到 Bane 的身上，借著他到了真實的世界（Bane 是 Zion 的人類，到 Matrix 獲取情報時被Smith感染）。
↑↑↑ ME, ME, ME！ 像病毒般無限增生的 Smith。
這一集進展得很快，從 Neo 被解放大概已過了六個月，Zion 很快就已經面臨機器大軍的攻擊。緊迫的時間，他們得儘快按照 Prophecy 到達 Source 好終結戰爭（預言是說只要「The One」到達 Source 就能終結戰爭，但可沒說誰會贏…）。有幾個船長在 Matrix 中集結，討論要如何進退。這時會發現： Morpheus 真的很愛長篇大論XD！難怪她老婆 Niobe 後來不要他（誤）。但中間有 Agent 來訪（含 Smith，但他一開始沒和 Neo 對上，他在等候時機），這時大夥就全散了，三個 Agent 全丟給 Neo 來應付XD。畢竟這時的 Neo 看到那些 Matrix 中的五四三程式根本來者不懼。也許是感覺到什麼異樣，Neo 在擊敗三個 Agent 後「飛」速去拜訪 Oracle，可是卻是人去樓空。
有趣的是，當時 Nebuchadnezzar 號上的新 operator ：Link 對擔心 Neo 去向的 Morpheus 和 Trinity 說：「He's doing his superman thing.」（他在幹超人那檔事兒！他在扮超人啦！） 看到這句不知為何每次都會笑出來XD。
※突然掛點的 Operator？
這裏個人想提一下第一集的 Operator：Tank。個人還蠻喜歡這位仁兄的。他第一集末明明活得好好的，怎麼這集就掛了…冏。Nebuchadnezzar 號應該改名叫死神號嗎？
※Nebuchadnezzar（尼布甲尼撒）？
原意是聖經中巴比倫王朝的一位國王，申言者但以理曾經服事過他。因為猶太人的淫亂和背神，最後導致了國的分裂及被擄，這是以色列苦難的日子，尼布甲尼撒是神當時賦與大權的君王，他明白耶和華神的大能，所以相當的敬重但以理，某個方面他算是神所使用的一個君王，但由於他自大自義，曾經被罰七期之久像牲畜一般以四肢行走。最後他的國也不長久。
值得一提的是 Keanu Reeves 在此部中的大量武術橋段，這集是他最「耍帥」的一集，故事沉重部份還沒出，更多的劇情可以用來展示 Neo 這位「The One」在 Matrix 中幾乎無所不能：隔空取物，到處超速飛行，連 KISS 都很有魅力（誤）。雖然有時覺得他的招式力量感不足，但武器種類繁多真的是夠他練的了。像他那麼高的人如此手腳協調的一招一式那麼順暢真的很了不起。中段使用的劍術看起來真的挺賞心悅目的（覺得他砍得有點辛苦，但真的不容易）。不過，到後來中國武術在西洋電影用得太多，好像外國觀眾也膩了（覺得「像跳舞」）。但這是題外話。
↑↑↑ 棍！
↑↑↑ 這東西叫啥不知道，算是較冷門的冷兵器。
↑↑↑ Keanu Reeves 老兄好像不習慣捏劍訣…，左手有時有點違和。
↑↑↑ 這集的 Neo 的造型和第一集不同，第一集穿著全黑T和工作褲（？），這集是從頭到腳包得死死的一幅長袍！
當然，事後 Oracle 還是聯繫了 Neo，Neo 也直接了當的問明了「Oracle也是 Matrix 中的程式」，他必需選擇要不要相信 Oracle。一切都在於他的選擇。重點是 Oracle 告訴 Neo：那些選擇他其實早就做了，他經歷的過程只是用來了解和明白他如何或為何做了那些決定。但，其實這段看到最後的感覺是：「其實你根本沒得選擇，只是讓你以為有得選擇而已」…XD。而到末段和 Architect 對話也證實有很多所謂的選擇真的是沒得選。
↑↑↑ 不知 Neo 能否切換在 Matrix 中看到的景象？不然總看到這一堆實在有點累呀…。
↑↑↑ 這集 Neo 飛得很頻繁，趕時間救急難最好利器（完全無視系統內設定的重力和時間）。
這集也相對的看到真實世界中人類唯一的城市 Zion，會發現：其實相信這套 Prophecy 的人類在現存者中是很小的一群！第一集中也許會以為 Neo 做為「The One」會很受 Zion 的重視，但事實上並非如此，他並沒有得到更高的地位或更多的注目和尊敬。他們多數人與其相信 Prophecy 更願意相信自己的力量，更多的人是對它嗤之以鼻，許多人認為 Morpheus 根本是個瘋子！當然，還是有些人相信 Neo 的，那些等在他居住層「十萬燭光」的居民都帶著禮物等他回來（沒有輕視意思，但對當時好不容易能獨處的 Neo 和 Trinity 而言這些十萬燭光太亮了…），更幸運的是有不少握有決事重權 councillor 相信 The One。而有一位約年僅16歲的「Kid」（這可能是名字，因為通篇沒提及他其它稱呼），是這集突然出現的「Neo 崇拜者」。在《Animatrix》中的第四個小故事有說明他是如何追尋到真實的。
↑↑↑ 做為 Neo 的超級粉，真的對他信心滿滿！
↑↑↑ 個人只是有點吃驚：原來 Zion 的控制系統也有使用虛擬程式的？但相信這是 Zion 自己獨立的程式，並不和 Matrix 相通。
不過，第二集的結局相當令人難過，好不容易擺平 Merovingian 找到 Keymaker，千辛萬苦來到 Source 的 Neo，發現了殘酷的真相：「The One 也不過是 Matrix 控制系統的一部份」。前面已經有五個版本的「The One」，用來將 Matrix 無法處理的「BUG 人類 MIND」給剔除、集中，每隔一段時間就進行一次「清掃」，用來維持系統的穩定。他到達 Source 並不會終止戰爭，他只是回歸到 Source 讓它能「升級」。
Architect 給了他兩個選項：
1.為人類存留餘種，他則回歸到 Source，但犧牲 Trinity。
（N年後會再進行一次清掃，一直循環）
2.去救已幾乎生機的 Trinity，但放棄為人類留餘種。
（Architect 表示會造成系統崩，全部連結人類會死亡）
↑↑↑ 真的是十萬火急！
↑↑↑ 按重力加速度設定，他必須在區區數秒內趕到（這激起的風暴真誇張）。
↑↑↑ 你們倆個的閃光會閃瞎全人類…。真的很感人，總機都快感動死了。
然而，Neo 的選擇大大不同以往的「The One」，也許他是帶有了「The One」的程序使他擁有比一般高天賦覺醒者更多觀看整個 Matrix 的權力和能力，但他也有自己身為人類的意志，這部份即使是「The One」這個程序或 Architect 也無法決定，這決定權在於 Neo （雖然關於此「選擇」的自由度還是存疑的，很有可能一直是被 Oracle 牽著跑）。與其為了全人類的存續負責任，他選擇了對自己最重要的 Trinity。不過，也因此，這第六個版本的「BUG 終結程序：The One 的循環」被打破了！一切不再照著 Architect 預設的處理方向，這個變數大概是 Architect 也無法處理平衡的了。
最後，夢想破滅的 Morpheus 不得不面對現實。新型的 Sentinel 是在 EMP 範圍以外投擲炸彈，他們被迫棄船以肉身面對。幾乎沒有生機的狀況下，Neo 卻感應到了 Sentinel，並用類似遙感的方式摧毁了 Sentinel。但 Neo 也失去了意識。
↑↑↑ 雖然 Morpheus 很失望，但相信 Neo 對自己的失望更深，因為他先前被教導和賦與太多期待。
↑↑↑ 到過 source 的 Neo 能遙控來自 source 的 sentinels，這點在下一集中 Oracle 會說明，和超能力完全不是一個概念（雖然看起來像）。不過看起來遙控還是費勁得多…。
最後，寫個比較無聊的小感想：這部拍攝時要連戲比第一集好辦得多…。第一集中，現實的 Neo 和進入 Matrix 的 Neo 「髮長不同」，所以拍時勢必得將許多場景分拆拍攝，不然總不能每拍一個 Sence 就要等 Keanu Reaves 長頭髮或重覆理髮吧！這部至少 Neo 不管在虛擬內外是一個髮長了。
※Merovingian（梅羅文加）？
它是那位很惹人厭的法國佬，這名字的本意是法國六個封建王朝的第一個，傳說是和耶穌的家族有血統關係，基本上意思就是有大衛王的血統吧（由於六這數字和淵源，所以也因此有人猜想他是第一代的 The One）。不過，真的信主研究聖經的會明白這是無聊的穿附。當然，關於這王朝的資料 GOOGLE 就有，個人不想多寫。但這個角色倒底是什麼東東倒很令人玩味。
有人說他是第一個版本的「The One」，那表示這個程式真的脫離「主機」活了超久了（他的肉身不可能活那麼久）！那他的妻子 Persephone（普西芬妮，希臘神話的冥府女王）呢？還是這個超舊版本的「The One」找到方法讓人腦中的意識程序可以單獨的活在 Matrix？也許這也能解釋為何第三集中 Neo 的意識和身體分開卻身體還能活著「待機」，意識也不受影響亂逛。反正都不知道，可以肯定的是他曾經是有很大權力的程序，大到他幾乎能和 Oracle 以及 Architect 相比，即使系統已經不再需要他（正常來說他的命運該是被刪除），他也能圈個地方建構自己的小天地，反抗整個系統的規則。從某個角度看倒令人想起「背叛的天使長」…。但這個角色還挺可悲的，全知全能到幾乎看透因果，但卻也因此成了無聊透頂的人（程序）。如果他真的看透也就算了，但卻還放不下權力天天搞有的沒的，實在是冏。
他的確看得透徹，他對因果的那番發言相當冷徹，也可說是絕望，Neo 也許不如他看得那樣冷徹，畢竟他從被解放到上祭壇犧牲可能也不過六個月的時間，要求太多是過份的；但要論可愛，Neo 還是比較可愛。如果 Neo 能活得更久，也許他也能有看到如此透徹的一天，但看得透徹不表示要成為混蛋。甚至個人覺得 Neo 並不是沒看透，而是他順服和接受了。當然，以三部曲結局而言最後不知道 Neo 上哪兒去了。他的肉身肯定是掛了，但他 MIND 和「The One」是回歸 Source 嗎（應該吧？因為 Matrix 升級了…）？或是也在 Matrix 中到處逛？這些也只能猜想了。
↑↑↑ 其實只是想秀那「101」樓的數字，Neo 當初在第一集住的也是101號房，不知是否也真的暗示 Merovingian 曾經是「The One」？
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